แต่เดิมชาวบ้านนามะเขือเป็นคนเผ่าภูไท ตั้งถิ่นฐานอยู่เมืองอางคำฝังซ้ายแม่น้ำโขง ได้อพยพข้ามฝั่งแม่น้ำโขงมาอยู่ที่บ้านนางิ้ว แล้วย้ายมาหาแหล่งที่ทำกินที่อุดมสมบูรณ์ จึงได้มาตั้งถิ่นฐานที่บ้านนามะเขือ ในพื้นที่มีต้นมะเขือ ป่าขึ้นอยู่เป็นจำนวนมาก จึงพากันตั้งชื่อว่า "นามะเขือ" มาจนถึงปัจจุบัน
    เมื่อประมาณปี พ.ศ. 2507 ได้มี ผกก. เข้ามาปลุกระดมมวลชน ทางราชการใช้กำลังเจ้าหน้าที่เข้าทำการปราบปราม แต่สถานการณ์ไม่ดีขึ้น ซ้ายังส้างความลำบากให้เกษตรกรในการทำมาหากิน ทำความเดือดร้อนไปทั่ว ในช่วงปี พ.ศ. 2515-2518 เหตุการณ์ค่อยบรรเทาลง

ตำบลนามะเขือตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกของอำเภอปลาปาก สภาพพื้นที่ส่วนใหญ่เป็นที่ราบสลับที่ดอน

เส้นทางคมนาคมติดต่อกับอำเภอปลาปาก 2 ทาง คือ
1. เส้นทางสายนามะเขือ ผ่านตำบลกุตาไก้ ถึงอำเภอปลาปาก ระยะทางประมาณ 25กิโลเมตร เป็นทางลูกรังตลอดสาย
2. สายนามะเขือ ผ่านบ้านนางิ้ว โพนสว่าง ผ่านตำบลกุตาไก้ ระยะทางประมาณ 42 กิโลเมตร เป็นถนนลุกรังตลอดสาย